Однако план проваливается — большинство вертолётов разведки оказывается уничтожено. Для того, чтобы узнать причину такого фиаско, Служба безопасности Украины направляет своего агента, бывшего сталкера, майора Александра Дегтярева[12] в центр Зоны.[9]

Первостепенной задачей Дегтярева является поиск пяти пропавших вертолётов, в каждом из которых содержится часть некой важной информации. В игре присутствует четыре группировки — «Долг», «Свобода», «Бандиты» и «Монолит», а также ученые, наёмники, военные и сталкеры-одиночки. Присоединиться к какой-либо группировке невозможно, однако возможно сотрудничать или враждовать с ними, с «Монолитом» сотрудничество невозможно за исключением одного отряда, члены которого вышли из под контроля Монолита, когда Стрелок отключил О-Сознание.

Каждый вертолет был уничтожен по-разному. Но большинство было поражено электроразрядами. На одном из вертолетов были обнаружены записи о том, что есть 2 точки эвакуации военных. Майор решает проверить обе. В одной были только зомби, другая же находилась в Припяти. Как пройти в Припять никто не знал, однако были легенды о некоем подземном путепроводе, который ведет с завода "Юпитер" в Припять. Майор отправился проверить легенду и наткнулся на вход в этот путепровод. Однако шлюз заблокирован, а судя по записям он наполнен ядовитым газом. Посовещавшись с Азотом(местным техником) было решено собрать отряд для похода в Припять, т.к туннель судя по всему наполнен мутантами. Также для всех нужны были костюмы с замкнутой системой дыхания. Майор решил эти проблемы.

После того как отряд вышел из туннеля, Майор сразу наткнулся на военных. Он выяснил, что неподалеку группа монолитовцев несет оружие, из которого были уничтожены некоторые из вертолетов. Оружие удалось захватить, но во время боя оно было серьезно повреждено. Полковник Ковальский отправил Майора узнать - кто сможет починить оружие. Механик был найден и он починил оружие. Это оказалась гаусс-винтовка. Однако она не могла вызвать электро-разряды. Также к Дягтяреву в руки попала ключ-карта от секретной лаборотории в Припяти - Х8. Майор отправился в лабороторию и собрал все сведения и документы которые нашел. Из них выяснилось, что в лаборотории проводились разработки "Выжигателя мозгов" - пси-излучателя способного разрушить разум человека и являющегося основной преградой в оригинальном "Сталкере". Также в документах выяснилось, что разработку излучателя вели основатели группы "Чистое небо"...

Из-за отсутствия выжигателя монолитовцы создали свои небольшие излучатели. Полковник вызвал Дягтярева и сказал, что из Зоны можно выбраться с помощю вертолетов эвакуации. Но внезапно недалеко от базы военных был обнаружен странный сигнал, источник которого находился где-то под землей. Выяснилось, что источником оказался Стрелок - сталкер, герой первой части. Он сказал, что был на ЧАЭС и может многое рассказать военным. Вертолеты эвакуации тоже появились. В конце игры предоставляется выбор - покинуть Зону или остаться там...